Rikka Isurugi est la descendante d'un clan de ninjas dont l'origine se perd dans l'Histoire. Entraînée par son grand-père depuis le plus jeune âge, elle souhaite néanmoins suivre les traces de son père, un brillant scientifique. Le jour de ses seize ans, alors qu'elle rentre chez elle, Rikka découvre que ses proches ont été attaqués par une....